Конечно, должен, куда он денется. Да и речь вроде как шла о замене на машинах, где он в доках есть.
На гаи.ру по поводу замены писали примерно так:
"...Наиболее обсуждаемым нововведением, содержащимся в приказе, является отказ от осмотра номера двигателя автомобиля, однако, как оказалось, многие автовладельцы его поняли не совсем правильно. Согласно словам Борисова, номер двигателя во время техосмотра при постановке автомобиля на учёт проверяться не будет, но это не значит, что автомобилисты смогут устанавливать на свою машину любые двигатели.
По словам представителя ГИБДД, такая новация была введена после исследования европейского законодательства, проведённого органами, по результатам которого выяснилось, что в 95% случаев номер двигателя либо не виден при техосмотре, либо становится нечитаемым в результате износа, что создавало владельцам автомобилей дополнительные трудности, поскольку на легализацию авто уходило много времени.
Таким образом, отказ от осмотра номера двигателя устранил эту проблему, однако данные о двигателе сохраняются в техпаспорте автомобиля и в учётной карте данных, по которым рассчитывается транспортный налог и стоимость полиса ОСАГО. В случае замены двигателя новым, но аналогичной модели, указанной в ПТС, данные о новом двигателе следует указать в техпаспорте. Однако в случае замены двигателя на более мощный агрегат, такое действие будет расцениваться как внесение изменений в конструкцию автомобиля, на которое требуется получение специального разрешения, в противном случае владелец автомобиля может быть привлечён к административной ответственности."
То бишь, если кратко: "надо будет- модель посмотрят".