Итак, проблема как бы решена, но не так как хотел.
Страшный звук пропал, когда в штатный уплотнитель на жабо засунул толстый провод, около 8мм толщиной.
Капот все так же выше уровня, изначально думал убрать стандартный замок и установить спортивные замки по бокам. Но скорее всего как-то опущу стандартный замок и успокоюсь на этом.
Что касается той планки, о которой писал пользователь "969", то она визуально немного кривая, однако есть подозрение что это заводская кривизна, т.к. она искривлена совсем чуть-чуть и очень равномерно. Боковые поперечины (на уровне фар) имеют точно такое же искривление. Что-то там выпрямлять смысла не увидел.